DDT, pysyvä organokloorihyönteismyrkky, kerääntyy kaljukotkien ja muiden petolintujen kudoksiin ravintoketjun kautta. Kun linnut nielivät saastuneen saaliin, DDT keskittyi heidän kehoonsa, mikä viime kädessä vaikutti heidän lisääntymismenestykseensä. Yksi merkittävimmistä DDT:n vaikutuksista kaljukotkoihin oli munankuoren oheneminen. Tämä tapahtui, koska DDT häiritsi kalsiumin aineenvaihduntaa, joka on munankuoren muodostumiselle tärkeä mineraali. Tämän seurauksena kuoret ohuempia ja herkempiä murtumaan inkuboinnin aikana, mikä johti heikentyneeseen kuoriutumiseen ja populaatioiden vähenemiseen.
Heikentynyt immuunitoiminta: DDT vaikutti myös kaljukotkien immuunijärjestelmään, mikä teki niistä alttiimpia sairauksille ja infektioille. Tämä vaikutti entisestään heidän väestönsä vähenemiseen.
Hormonisäätelyn häiriö: DDT voi jäljitellä estrogeenin, naissukupuolihormonin, vaikutuksia. Tämä voi häiritä normaalia hormonitasapainoa sekä uros- että naaraskotkaissa, mikä johtaa lisääntymisongelmiin, epänormaaliin kehitykseen ja käyttäytymismuutoksiin.
DDT:n kertymisellä aikuisiin kaljukotkoihin oli kauaskantoisia seurauksia, ei vain lajin lisääntymismenestykselle ja selviytymiselle vaan myös koko ekosysteemille. DDT:n kieltäminen ja sen käytön vähentäminen monissa maissa oli ratkaisevassa roolissa merikotkakantojen elpymisessä.