Vaikka kalju kotkat ovat tyypillisesti huippuluokan petoeläimiä (ruokaketjun yläosassa), muut eläimet voivat saalistaa ne, mukaan lukien muut petolintuja, kuten suuri sarveinen pöllö, joka voi hyökätä kalju kotkiin pesässään. Karhut ja susit saattavat myös toisinaan tappaa ja syödä kalju kotkia. Joissakin tapauksissa ihmiset voivat myös uhata kaljuja kotkia metsästyksen tai elinympäristön tuhoamisen kautta.