- elinympäristön tuhoaminen: Metsien ja muiden luonnollisten elinympäristöjen tuhoaminen on vähentänyt kotkien sopivien pesä- ja ruokintapaikkojen määrää.
- metsästys ja vainot: Kotkia on metsästetty höyhenensä, lihan ja muiden ruumiinosiensa ja jopa karjatilan ja viljelijöiden saalistajina.
- pilaantuminen: Torjunta -aineet, rikkakasvien torjunta -aineet ja muut epäpuhtaudet voivat kertyä ruokaketjuun ja myrkkykotkiin.
- tauti: Länsi -Niilin virus -niminen sairaus on tappanut yli miljoona lintua Yhdysvalloissa vuodesta 1999, mukaan lukien huomattava määrä kotkia.
Tässä on joitain erityisiä esimerkkejä siitä, kuinka nämä tekijät ovat vaikuttaneet kotkapopulaatioihin:
- Kalifornian kondorit: Kalifornian kondorit olivat kerran laajalle levinnyt Länsi -Pohjois -Amerikassa. Silti heidän väestönsä väheni dramaattisesti metsästyksen, elinympäristön tuhoamisen ja myrkytyksen vuoksi. Heidät julistettiin sukupuuttoon luonnossa vuonna 1987, mutta vangittu jalostusohjelma on onnistuneesti tuonut ne uudelleen useille alueille.
- Kalju kotkat: Kalju kotkat olivat kerran yleisiä koko Pohjois -Amerikassa. Silti heidän väestönsä väheni rajusti DDT -myrkytyksen, metsästyksen ja elinympäristön tuhoamisen vuoksi. Heidän väestönsä palautuu vähitellen, kun DDT kiellettiin Yhdysvalloissa vuonna 1972, ja lakeja annettiin heidän suojelemiseksi.
- kultaiset kotkat: Kultaiset kotkat ovat laajalle levinnyt Pohjois -Amerikassa, Euroopassa ja Aasiassa. Heidän väestönsä on suhteellisen vakaa, mutta elinympäristön tuhoaminen, metsästys ja myrkytys uhkaa.