Kaljujen kotkien lisäksi myös erilaisia muita eläimiä, mukaan lukien vesilintu, pienet nisäkkäät ja porkkanat (kuolleet eläimet). Joitakin muita saalista, joita kalju kotkien on tiedetty syövän, ovat kanit, oravat, pesukarhu, merilintuja ja jopa hirvieläimiä.
Kalju kotkat ovat opportunistisia petoeläimiä, mikä tarkoittaa, että he ottavat kaiken saatavilla olevan saaliin. Heillä on kuitenkin mieluummin tietyntyyppisiä ruokia. Esimerkiksi kalju kotkien on tiedetty matkustavan pitkiä matkoja ruokkimiseksi lohen ajoista.
Kaljujen kotkien elintarvikkeet vaihtelevat maantieteellisen sijainnin mukaan. Joillakin alueilla kalju kotkat voivat luottaa pääasiassa kaloihin, kun taas muilla alueilla he voivat syödä enemmän erilaisia saaliin. Kaljujen kotkien ruokavalio muuttuu myös vuodenaikojen mukana. Esimerkiksi talvikuukausina, kun kaloja on vähemmän runsaasti, kalju kotkat voivat syödä enemmän porkkanaa ja pieniä nisäkkäitä.