Pretolintujen joukossa, jotka uhkaavat kaljuja kotkia, ovat kultaisia kotkia, suuria sarveisia pöllöjä, pohjoisia Goshawksia ja punapääteisiä haukkoja. Nämä petoeläimet voivat hyökätä ja tappaa kalju kotkia ruokaa varten tai puolustaa omia alueitaan.
Suurten lihansyöjien nisäkkäiden suhteen kalju kotkat voivat kohdata karhun, susien, kojoottien ja vuorileijonien uhat. Nämä saalistajat voivat kohdistaa kalju kotkamunat, poikaset tai jopa aikuiset kotkat, jos he löytävät mahdollisuuden.
Lisäksi jotkut matelijat, kuten suuret käärmeet ja alligaattorit, saattavat saalistaa kalju kotka -munat ja nuoret poikaset, jos heidän pesänsä ovat haavoittuvia ja sijaitsevat lähellä vesistöjä tai soista aluetta.
On kuitenkin syytä huomata, että ihmisiin liittyvä toiminta, mukaan lukien elinympäristöjen tuhoaminen, metsästys ja pilaantuminen, aiheuttavat merkittäviä uhkia kaljuille kotkille ja muille villieläimille. Suojelupyrkimykset ja oikeudelliset suojaukset ovat ratkaisevan tärkeitä kalju kotkapopulaation säilyttämisessä ja näiden ihmisten aiheuttamien uhkien lieventämisessä.