Whittakerin ajasta lähtien molekyylibiologian ja genetiikan edistys on kuitenkin johtanut syvemmälle ymmärrykseen organismien välisistä evoluutiosuhteista. Seurauksena on, että jotkut biologit väittävät, että viiden kuningaskunnan järjestelmä on liian yksinkertaistettu eikä heijasta tarkasti maan elämän monimuotoisuutta ja monimutkaisuutta.
Yksi viiden kuningasjärjestelmän tärkeimmistä kritiikoista on, että se perustuu pääasiassa morfologisiin ja ekologisiin ominaisuuksiin kuin evoluutiosuhteisiin. Tämä voi johtaa organismien keinotekoisiin ryhmiin, jotka eivät ole läheisessä yhteydessä toisiinsa. Esimerkiksi Proista Kingdom on kattava luokka, joka sisältää monenlaisia organismeja, joilla ei ole yhteistä esi-isää.
Toinen kritiikki viiden kuningasjärjestelmästä on, että se on liian jäykkä. Se ei salli uusien löytöjen helppoa sijoitusta eikä heijasta evoluutiosuhteiden dynaamista luonnetta.
Vaihtoehtona viiden kuningaskunnan järjestelmään jotkut biologit ehdottavat evoluutiosuhteiden perusteella joustavampaa luokitusjärjestelmää. Tämä lähestymistapa, joka tunnetaan nimellä fylogeneettinen systematiikka, käyttää molekyylitietoa fylogeneettisten puiden rakentamiseen, jotka osoittavat organismien evoluutiosuhteet. Fylogeneettisiä puita voidaan käyttää monofiilisten ryhmien tunnistamiseen, jotka ovat ryhmiä, joihin kuuluvat yhteinen esi -isä ja kaikki sen jälkeläiset.
Fylogeneettisen systematiikan käyttö on johtanut uusien organismiryhmien tunnistamiseen ja elävien organismien evoluutiosuhteiden tarkistamiseen. Esimerkiksi Archaean, ryhmä yksisoluisia organismeja, jotka erottuvat sekä bakteereista että eukaryooteista, johti kuuden kuningaskunnan luokittelujärjestelmän ehdotukseen.
Yhteenvetona voidaan todeta, että jotkut biologit väittävät, että viiden valtakunnan käsite on vanhentunut ja että monimutkaisemmat luokittelujärjestelmät ovat välttämättömiä elämän monimuotoisuuden ja kehityksen ymmärtämiseksi paremmin.