Kalju kotkat ovat heterotrofeja. Tämä tarkoittaa, että he kuluttavat muita organismeja energiaa ja ravintoaineita varten. Kalju kotkat ovat lihansyöjiä, mikä tarkoittaa, että ne ruokkivat pääasiassa eläinpohjaisia ruokia. He metsästävät muita eläimiä, kuten kalaa, pieniä nisäkkäitä ja lintuja.