Ligerien geneettinen rakenne on monimutkainen, koska ne perivät piirteitä sekä leijonilta että tiikereiltä. Tämä voi johtaa ristiriitoihin heidän lisääntymiselimiensä kehityksessä, mikä voi johtaa hedelmättömyyteen. Lisäksi leijonien ja tiikerien kromosomimäärät ovat erilaisia, mikä voi edelleen häiritä lisääntymisjärjestelmän asianmukaista toimintaa.
Toinen ligeereiden hedelmättömyyteen vaikuttava tekijä on geneettisen monimuotoisuuden puute hybridipopulaatiossa. Ligerit ovat usein tulosta leijonien ja tiikerien välisistä yksittäisistä parittelutapahtumista eivätkä jatkuvasta lisääntymisohjelmasta. Tämä tarkoittaa, että liger-populaatiossa on rajoitettu määrä geneettistä vaihtelua, mikä voi vähentää heidän mahdollisuuksiaan tuottaa hedelmällisiä jälkeläisiä.
Vaikka hedelmällisiä ligeereitä on esiintynyt harvoin, nämä tapaukset ovat erittäin epätavallisia ja suurin osa ligereistä on hedelmättömiä. Tämä hedelmättömyys on luonnollinen ilmiö, joka estää eri lajien risteytymisen ja auttaa säilyttämään kunkin lajin geneettisen eheyden.