1. Korkean lämpötilan poltto :Tässä menetelmässä tartunnan saaneet materiaalit, mukaan lukien sairastuneiden eläinten ruhot ja kaikki saastuneet laitteet, poltetaan erittäin korkeissa lämpötiloissa. Korkea lämpö tuhoaa BSE-aiheuttajan ja estää sen leviämisen.
2. Kemiallinen desinfiointi :Tietyt kemikaalit, kuten natriumhydroksidi (lipeä) ja vetyperoksidi, ovat tehokkaita BSE-aiheuttajan tuhoamisessa. Näitä kemikaaleja levitetään infektoituneisiin materiaaleihin, mikä aiheuttaa proteiinien denaturoitumisen ja tarttuvien prionien inaktivoitumisen.
3. Höyrysterilointi :Korkean paineen ja lämpötilan alainen höyry voi myös tuhota BSE-aiheuttajan. Tätä menetelmää käytetään usein lääketieteellisten instrumenttien ja laitteiden sterilointiin, ja sitä voidaan soveltaa myös BSE:n saastuttamiin materiaaleihin.