Colbertin ura alkoi 1990-luvun alussa, kun hän kuului improvisaatiokomediaryhmään Second City. Hän näytteli edelleen useissa televisio-ohjelmissa, mukaan lukien The Dana Carvey Show ja Strangers with Candy. Vuonna 1999 hän loi Stephen Colbertin, konservatiivisen poliittisen kommentaattorin, hahmon Comedy Central -sarjaan The Daily Show. Colbert näytteli hahmoa useita vuosia ja hänestä tuli yksi suosituimmista koomikoista Yhdysvalloissa.
Vuonna 2005 Colbert jätti The Daily Shown luodakseen oman show'n, The Colbert Reportin. Esitys oli satiirinen uutisohjelma, jossa Colbert näytteli itseään tärkeänä oikeistolaisena asiantuntijana. Ohjelma oli valtava menestys ja voitti useita palkintoja, mukaan lukien useita Primetime Emmy Awards ja Peabody Awards.
Vuonna 2014 Colbert lopetti The Colbert Reportin siirtyäkseen The Late Shown juontajaksi Stephen Colbertin kanssa. Ohjelma on perinteinen myöhäisillan keskusteluohjelma, jossa Colbert haastattelee kuuluisuuksia, poliitikkoja ja muita vieraita. Ohjelma on ollut menestys ja se on voittanut lukuisia palkintoja, mukaan lukien useita Primetime Emmy -palkintoja ja Peabody Awards -palkintoja.
Televisiotyönsä lisäksi Colbert on kirjoittanut myös useita kirjoja, mukaan lukien I Am America (And So Can You!) ja America Again:Re-becoming the Greatness We Never Were. Hän on esiintynyt myös useissa elokuvissa, mukaan lukien Anchorman 2:The Legend Continues ja Zoolander 2.
Colbert on lahjakas koomikko, kirjailija ja tuottaja, jolla on ollut merkittävä vaikutus amerikkalaiseen kulttuuriin. Hän on yksi suosituimmista koomikoista Yhdysvalloissa ja hänen työtään on kehuttu niin kriitikoilta kuin yleisöltäkin.