1. Vähentynyt geneettinen monimuotoisuus: Valikoiva jalostus voi johtaa populaation geneettisen monimuotoisuuden vähenemiseen. Parittelupoolin rajoittaminen valitsemalla vain tiettyjä yksilöitä voi vähentää populaation geenien vaihtelua, mikä voi tehdä siitä alttiimman sairauksille, ympäristön muutoksille tai muille haasteille.
2. Sukusiitos ja terveysongelmat: Lähisukuisilla henkilöillä voi olla lisääntynyt riski saada geneettisiä häiriöitä ja terveysongelmia sukusiitosten vuoksi. Sukusiitos voi johtua valikoivasta jalostuksesta, jossa halutut ominaisuudet omaavia yksilöitä paritetaan toistuvasti keskenään.
3. Muiden ominaisuuksien menettäminen: Keskittyminen tiettyjen ominaisuuksien valintaan saattaa johtaa muiden arvokkaiden ominaisuuksien menettämiseen populaatiossa. Esimerkiksi kun jalostetaan valikoivasti lehmien maidontuotannon lisäämiseksi, muut ominaisuudet, kuten taudinkestävyys tai lihan laatu, voivat jäädä huomiotta ja mahdollisesti heikentyä.
4. Eettiset huolenaiheet: Valikoiva jalostus herättää eettisiä huolenaiheita, erityisesti tapauksissa, joissa mukana on eläimiä. Kriitikot väittävät, että se voi sisältää käytäntöjä, kuten teurastus, keinosiemennys ja geneettiset muunnokset, jotka voivat vaarantaa eläinten hyvinvoinnin.
5. Rajoitettu mukautus: Valikoiva jalostus saattaa johtaa eläimiin tai kasveihin, jotka sopivat hyvin tiettyihin ympäristöihin tai tarkoituksiin, mutta joilla ei ehkä ole sopeutumiskykyä menestyä muuttuvissa olosuhteissa tai erilaisissa ympäristöissä.
6. Perinteisen tiedon ja biologisen monimuotoisuuden menetys: Perinteisen maatalouden tai alkuperäiskansojen käytäntöjen tapauksessa suurteollisuuden valikoiva jalostus voi heikentää paikallistuntemusta, erilaisia viljelykasvilajikkeita sekä perinteisten rotujen ja ekosysteemien säilymistä.
7. Taloudelliset kustannukset: Valikoiva jalostus vaatii usein merkittäviä investointeja, kuten infrastruktuuria, teknologiaa, ammattitaitoisia ammattilaisia ja jalostusohjelmia, jotka voivat olla kalliita ja resursseja vaativia.
On tärkeää huomata, että valikoivan jalostuksen erityiskustannukset ja haitat voivat vaihdella kasvatettavien organismien, jalostustoimien laajuuden sekä käytetyn eettisten näkökohtien ja tieteellisen asiantuntemuksen tason mukaan.