Tästä syystä:
* suora valinta keskittyy valitun yksilön piirteisiin. Esimerkiksi karjan korkeimman lehmän valitseminen.
* Epäsuora valinta keskittyy yksilön jälkeläisten piirteisiin. Esimerkiksi lehmän valitseminen tyttärensä maidon saannon perusteella.
Epäsuoraa valintaa käytetään usein, kun:
* Haluttu ominaisuus on vaikea tai kallis mitata suoraan vanhemmassa.
* Ympäristötekijät vaikuttavat piirteeseen, mikä vaikeuttaa vanhempien geneettisen panoksen arviointia.
* Ominaisuus ilmenee vasta myöhemmin elämässä, kuten sairauden resistenssi.
Tämä menetelmä perustuu oletukseen, että jälkeläiset perivät vanhemmiltaan halutut piirteet. Se on yleinen käytäntö eläinten jalostusohjelmissa, joiden tarkoituksena on parantaa piirteitä, kuten maidontuotantoa, lihan laatua tai sairaudenkestävyyttä.