- Laivan nimi voidaan saada vanhentuneesta vanhasta englanninkielisestä sanasta "beagle", mikä tarkoittaa pientä laivaa tai laivan venettä. Tätä sanaa käytettiin jo 1400 -luvulla viitaten pieneen, kevyesti aseistettuun alukseen, jota käytettiin tiedusteluun ja kuljetustarvikkeisiin.
- Toinen mahdollinen selitys on, että nimi on inspiroinut Beagle -kanava, kapea vesiväylä, joka sijaitsee Chilen ja Argentiinan välissä. Brittiläiset tutkijat nimittivät kanavan 1800 -luvun lopulla, ja on mahdollista, että HMS Beaglen nimi valittiin viitaten tähän maantieteelliseen piirteeseen.
- Jotkut historioitsijat viittaavat myös siihen, että Australian Beaglen satama on saattanut vaikuttaa HMS Beaglen nimeen. Satama sijaitsee pohjoisella alueella, ja brittiläiset tutkijat nimittivät sen vuonna 1838, vähän ennen kuin HMS Beagle aloitti sen kuuluisan matkan.