Vaikka joillakin villakoirilla voi olla kevyempiä silmiä, kuten hasselia tai keltaisia, tämä on vähemmän yleistä, etenkin valkoisissa villakoirissa.
Silmien väri on yleensä yhdenmukainen villakoiran yleisen pigmentin kanssa, joten valkoisella villakoiralla, jolla on hyvin tumma pigmentti, olisi todennäköisesti tummanruskeat silmät.