Tieteelliset todisteet ja chakrat ovat rajallisia, ja chakrojen ymmärtäminen kiertää pääasiassa perinteisten käytäntöjen, henkisten vakaumusten ja henkilökohtaisten kokemusten ympärillä kuin empiirisen tieteellisen validoinnin. Seurauksena on, että sitä ei tunnusteta tai tutkitaan nykyaikaisessa tieteessä.
Sellaisenaan chakran käsite rajoittuu yleensä ihmisiin, eikä ole olemassa merkittävää tieteellistä näyttöä tai tietoja, jotka viittaavat chakrojen olemassaoloon eläimissä. Siksi chakran käsite liittyy tyypillisesti ihmisen energiajärjestelmiin ja henkisiin käytäntöihin.