Saksalaiset paimenet, kuten kaikki muutkin koirat, lisääntyvät seksuaalisesti. Kun uros saksalainen paimenkumppani naarasaksan paimenen kanssa, uros tallettaa siittiöidensä naisen lisääntymisaukkoon. Sitten siittiöt kulkevat naisten munasarjoihin, missä se hedelmöittää munia. Sitten hedelmöitetyt munat implantoivat naisen kohtuun, missä ne kehittyvät pentuiksi. Saksan paimenen raskausaika on noin 63 päivää, minkä jälkeen nainen synnyttää pentujen pentueen.