Vaikka ruskeat silmät ovat yleisin silmäväri saksalaisten paimenille, niillä voi olla myös:
* Amber Eyes: Lämmin, punertavanruskea väri.
* Siniset silmät: Vähemmän yleinen, mutta mahdollista.
* heterokromia: Joilla on kaksi eri värillistä silmää. Tämä on harvinaista, mutta voi esiintyä saksalaisissa paimenissa.
Saksan paimenten silmien väri määräytyy Iriksen läsnä olevan melaniinin määrän perusteella. Mitä enemmän melaniinia, sitä tummempi silmät.