St. Bernardsilla on tyypillisesti ruskeat silmät , joskus hiukan hasselisävy. Vaikka siniset silmät voivat esiintyä joissain harvinaisissa tapauksissa, niitä ei pidetä rodun tavanomaisena.
Jos kohtaat St. Bernardin sinisinä silmissä, se johtuu todennäköisesti geneettisestä poikkeavuudesta tai harvinaisesta mutaatiosta.