Tässä on muutamia esimerkkejä todisteista siirtymävaiheen fossiileista, jotka tukevat evoluutioteoriaa ja valaisevat puuttuvien linkkien käsitettä:
1. Archaeopteryx: Archeopteryx on sulkainen dinosaurus, joka eli noin 150 miljoonaa vuotta sitten myöhäisen jurakauden aikana. Sitä pidetään siirtymävaiheen fossiilina muiden kuin lintujen dinosaurusten ja nykyaikaisten lintujen välillä. Archaeopteryxillä oli sekä dinosaurusten piirteitä, kuten pitkä luuinen häntä, että lintujen ominaisuuksia, kuten höyheniä ja kynsiä sisältäviä siivejä.
2. Tiktaalik Roseae: Tiktaalik on 375 miljoonaa vuotta vanha kala, jonka uskotaan olevan siirtymävaihe kalan ja sammakkoeläinten välillä. Sillä oli kalamainen runko ja suomukset, mutta siinä oli ominaisuuksia, jotka mahdollistivat sen liikkumisen maalla, kuten vahvat rintaevät ja luiset ranteen luut ja kyky hengittää ilmaa keuhkojen avulla.
3. Mesonyx: Mesonyx on sukupuuttoon kuollut lihansyöjänisäkäs, joka eli noin 55 miljoonaa vuotta sitten paleoseenin aikakaudella. Sen uskotaan olevan siirtymävaiheen fossiili nykyaikaisten lihansyöjien (esim. koirat, kissat, karhut) ja artiodaktyylien (esim. lehmien, sikojen, virtahepojen) välillä. Mesonyxilla oli koiran kaltainen kallo ja hampaat, mutta jaloissa oli kynnet, jotka olivat samanlaisia kuin joillakin artiodaktileilla.
4. Keskikokoiset valaiden fossiilit: Evoluutiota siirtymistä maalla elävistä nisäkkäistä täysin vedessä eläviin valaisiin tukee joukko siirtymävaiheen fossiileja, mukaan lukien Pakicetus, Ambulocetus, Remingtonocetus ja Basilosaurus. Nämä fossiilit osoittavat asteittaisia mukautuksia, jotka mahdollistivat muinaisten valaiden siirtymisen maasta vesiympäristöön, kuten virtaviivaisten ruumiiden kehittyminen, takaraajojen pieneneminen ja paremmat uintirakenteet eturaajoissa.
Nämä esimerkit osoittavat, että vaikka kahden tietyn organismiryhmän välillä ei ehkä ole yhtäkään puuttuvaa linkkiä, on olemassa runsaasti fossiilisia todisteita, jotka tukevat evoluution siirtymien käsitettä ja tarjoavat arvokkaita näkemyksiä eri lajien keskinäisistä yhteyksistä niiden evoluutiohistorian aikana.