Tästä syystä:
* morfologiset yhtäläisyydet: Choanoflagellaates on silmiinpistäviä samankaltaisuuksia sienistä, yksinkertaisimmista eläimistä löydettyjen kaulussolujen (choanosyyttien) kanssa. Molemmilla on yksi flagellum, jota ympäröi mikrovillien kaulus, jota käytetään suodattamaan ruokaa vedestä.
* Geneettinen todiste: Molekyylianalyysi, etenkin ribosomaalisten RNA -geenien, tukee voimakkaasti choanoflagellaattien ja eläinten välistä evoluutiosuhdetta. Heillä on ainutlaatuinen geenisarja, jota ei löydy muista protisteista.
* potentiaalinen esi -isä: On yleisesti uskottu, että choanoflagellaatin kaltainen esi-isä syntyi eläimistä.
Vaikka muiden protistien, kuten amoebozoaanien, on ehdotettu olevan läheisessä yhteydessä eläimiin aikaisemmin, todisteet osoittavat ylivoimaisesti Choanoflagellateille lähimpiä eläviä sukulaisia.