* elinympäristön menetys: Pienen sinisen pingviinin elinympäristön tuhoaminen on merkittävä uhka lajeille. Tämä voi johtua monista tekijöistä, mukaan lukien rannikkoalueiden kehitys, pilaantuminen ja ilmastomuutos.
* tauti: Pienet siniset pingviinit ovat alttiita useille sairauksille, mukaan lukien lintujen kolera, aspergilloosi ja koktsidioosi.
* Ihmisen häiriöt: Ihmistoiminta voi häiritä pieniä sinisiä pingviinit, kuten veneily, kalastus ja uinti. Tämä voi johtaa stressiin, loukkaantumiseen ja jopa kuolemaan.