- elinympäristön menetys ja hajoaminen: Afrikkalaiset pingviinit luottavat jalostuksen, pesimisen ja ruokinnan rannikkoympäristöihin, mutta näitä elinympäristöjä uhkaa ihmisen toiminta, kuten rannikkoalueiden kehitys, pilaantuminen ja liikakalastus. Erityisesti rannikkoalueiden kehitys on johtanut pesäalueiden tuhoamiseen tai pirstoutumiseen.
- ylikalastus: Ylikalastus uhkaa myös afrikkalaisia pingviinit, koska ne luottavat kaloihin ruokavaliostaan. Ylikalastus voi vähentää afrikkalaisten pingviinien ruoan saatavuutta ja vaikeuttaa heidän selviytymistä. Tietyt kalalajit, joihin afrikkalaiset pingviinit luottavat, ovat ylikalustettuja kulutus- ja virkistyskäyttöön.
- Ilmastomuutos: Ilmastomuutos on toinen merkittävä uhka afrikkalaisille pingviinille. Kasvava merenpinta ja muutokset valtameren lämpötiloissa voivat häiritä pingviinien jalostussykliä, vähentää niiden ruoan tarjontaa ja johtaa pesäpaikkojensa tuhoamiseen.
- pilaantuminen: Eri lähteistä, mukaan lukien öljyvuodot, muovijätteet ja jäteveden purkaus, pilaantumisella voi olla myös negatiivisia vaikutuksia afrikkalaisiin pingviiniin. Öljyvuodot voivat peittää höyhenet, jolloin ne eivät pysty säätelemään kehon lämpötilaa ja vedenpitävät kehonsa, johtaen kuolemaan. Pingviinit voivat nauttia muovijätettä ja aiheuttaa tukkeutumista ruoansulatuskanaviinsa, ja jäteveden purkaus voi saastuttaa heidän ravintolähteensä.
- saalistus: Afrikkalaiset pingviinit kohtaavat saalistajien uhkia sekä maalla että merellä. Maalla mongoosit ja kissat voivat hyökätä heihin, kun taas merellä, hait ja muut suuret meren saalistajat voivat saalistaa ne.
Nämä tekijät ovat kaikki vaikuttaneet Afrikan pingviinipopulaatioiden vähentymiseen, mikä johtaa niiden luokitteluun kansainvälisen luonnonsuojelujärjestön (IUCN) uhanalaisena. Suojelupyrkimykset ovat käynnissä näiden uhkien ratkaisemiseksi ja jäljellä olevien Afrikan pingviinipopulaatioiden suojelemiseksi.