Ensisijainen uhka fenek-ketuille on niiden elinympäristön menettäminen. Fennekketut elävät Pohjois-Afrikassa ja Lähi-idässä, missä niiden elinympäristö tuhoutuu nopeasti ihmisen toimien, kuten maatalouden, kaupungistumisen ja kaivostoiminnan, seurauksena. Kun elinympäristönsä tuhoutuu, fenekketut pakotetaan siirtymään yhä pienemmille alueille, mikä tekee niistä alttiimpia petoeläimille ja taudeille.
Metsästys ja pyynti
Fenkokkikettuja metsästetään ja pyydetään myös niiden turkin vuoksi. Niiden turkista valmistetaan vaatteita ja muita tuotteita. Joillakin alueilla fenek-kettuja metsästetään myös urheilun vuoksi.
Ilmastonmuutos
Ilmastonmuutos on myös suuri uhka fenek-ketuille. Ilmastonmuutos saa Saharan aavikon laajenemaan, mikä vähentää fenek-kettujen elinympäristön määrää. Ilmastonmuutos aiheuttaa myös tiheämpiä ja ankarampia kuivuuskausia, mikä voi vaikeuttaa fenek-kettujen vaikeuksia löytää ruokaa ja vettä.