Arviot keisaripingviinien kokonaiskannasta vaihtelevat laajasti. 1980-luvulla ja 1990-luvun alussa populaatioarviot vaihtelivat noin 400 000 - 500 000 pesimäparin välillä. Viime aikoina tutkijat ovat ehdottaneet suurempaa populaatioarviota, joka vaihtelee noin 600 000 - 800 000 pesimäparista, mikä vastaa noin 1,2 - 1,6 miljoonaa yksittäistä keisaripingviiniä.
On tärkeää huomata, että nämä populaatioarviot perustuvat tieteellisiin tutkimuksiin, mallintamiseen ja satelliittikuvien analyyseihin, mutta tarkkojen lukujen saaminen näille syrjäisille Etelämantereen populaatioille on edelleen vaikeaa. Usein merijäällä esiintyvien keisaripingviiniyhdyskuntien levinneisyys ja niiden lisääntymistavat tekevät kokonaisvaltaisista laskennoista haastavia.