Uhanalaiset lajit, joita tavataan nykyään vain eläintarhoissa, ovat usein peräisin pienistä, eristyneistä populaatioista, joiden lukumäärä on vähentynyt kriittisesti alhaisiksi eri tekijöiden, kuten elinympäristöjen häviämisen, metsästyksen ja liikakäytön vuoksi. Kun nämä lajit tuodaan eläintarhoihin suojelu- ja lisääntymistarkoituksiin, ne voivat kantaa vain murto-osaa luonnonvaraisen populaation geneettisestä monimuotoisuudesta.
Kun nämä lajit lisääntyvät vankeudessa, rajoitettu geneettinen vaihtelu keskittyy entisestään, mikä johtaa alleelien menetykseen ja geneettisen monimuotoisuuden vähenemiseen. Ajan myötä tällä voi olla haitallisia vaikutuksia lajin kykyyn sopeutua muuttuviin ympäristöolosuhteisiin ja lisääntyneeseen alttiuteen sairauksille, mikä tekee niistä alttiimpia sukupuuttoon.
Lieventääkseen perustajavaikutuksen vaikutuksia ja säilyttääkseen geneettisen monimuotoisuuden, eläintarhojen suojeluohjelmat toteuttavat usein sellaisia strategioita kuin valikoiva jalostus, populaation hallinta ja geneettinen pelastus. Näillä toimenpiteillä pyritään tuomaan uutta geneettistä materiaalia vankeudessa pidettyihin populaatioihin, ylläpitämään geneettistä monimuotoisuutta ja vähentämään sukusiitosmasennuksen ja muiden geneettisten ongelmien riskiä, jotka voivat johtua vähäisestä geneettisestä vaihtelusta.