Suurin syy hämähäkkiapinoiden uhanalaisen aseman vuoksi on elinympäristön häviäminen. Villahämähäkkiapinoiden elinympäristöä raivataan moniin eri tarkoituksiin, mukaan lukien hakkuut, maanviljely ja ihmisasutus. Tämä aiheuttaa sen, että villahämähäkkiapina menettää elinympäristönsä ja kykynsä löytää ruokaa ja suojaa.
Metsästys ja salametsästys
Villahämähäkkiapinoita metsästetään myös niiden lihan ja turkin vuoksi. Tämä on suuri uhka niiden selviytymiselle, koska se pienentää populaation kokoa ja estää lajien lisääntymisen.
Ilmastonmuutos
Ilmastonmuutos on uhka myös hämähäkkiapinalle. Ilmaston muuttuessa villahämähäkkiapinoiden elinympäristö on yhä vähemmän sopiva sen selviytymiselle. Tämä saa villahämähäkkiapinan siirtymään uusille alueille, joissa se ei ehkä ole yhtä hyvin sopeutunut ja missä se voi kohdata uusia uhkia.