Eurooppalaiset tapasivat kongoreesit ensimmäisen kerran 1500 -luvulla. Vuonna 1562 espanjalainen tutkija Juan Pardo vieraili heidän kylässään, jonka hän kuvasi sijaitsevan korkealla bluffilla joelle. Kongoresit olivat ystävällisiä espanjaa kohtaan ja antoivat heille ruokaa ja tarvikkeita.
Iroquois hyökkäsivät 1700 -luvun alkupuolella kongoreita, jotka yrittivät laajentaa alueitaan. Kongoresit pakotettiin luopumaan kylästään ja liikkumaan etelään kauempana. Vuonna 1670 he asettuivat Santee -joelle, missä he asuivat seuraavan 50 vuoden ajan.
Vuonna 1715 Iroquois hyökkäsi jälleen kongoreihin, jotka olivat liittolaisia brittien kanssa. Kongoresit voitettiin ja heidän kylänsä tuhoutui. Selviytyjät pakenivat Waxhawsiin, jotka olivat Pohjois -Carolinassa asuvaa Catawba -alaryhmää.
Kongoresit lopulta rinnastuivat Catawba -heimoon, ja heidän kielensä ja kulttuurinsa menetettiin. Heidän nimensä muistetaan kuitenkin edelleen useiden paikkojen nimissä Etelä -Carolinassa, mukaan lukien Congareen kansallispuisto ja Congaree -joki.