Elinympäristön häviäminen ja huononeminen :Seychellien tuppihäntälepakko luottaa luontaisiin metsän elinympäristöihin yöpymisessä ja ravinnonhaussa. Metsien hävittäminen maatalouden, hakkuiden ja kehityksen vuoksi on johtanut näiden metsien pirstoutumiseen ja vähenemiseen, mikä on vähentänyt merkittävästi tämän lajin käytettävissä olevia elinympäristöjä.
Metsästys ja pyynti :Seychellien tuppihäntälepakko metsästetään toisinaan ravinnoksi tai sitä käytetään perinteisessä lääketieteessä. Lisäksi ne voivat jäädä loukkuun muille eläimille asetettuihin verkkoihin.
Esitteli saalistajat :Vieraiden petoeläinten, kuten rottien, kissojen ja mangustien, tulo on myös osaltaan vaikuttanut Seychellien tuppihäntälepakoiden vähenemiseen. Nämä saalistajat saalistavat lepakoita, niiden poikasia ja yöpymispaikkoja.
Pieni populaatiokoko ja geneettinen haavoittuvuus :Seychellien tuppihäntälepakon populaatiokoko on pieni ja se on erittäin paikallinen, mikä tekee siitä alttiimman elinympäristön häviämisen, metsästyksen ja saalistuksen vaikutuksille. Pieni populaatiokoko rajoittaa myös geneettistä monimuotoisuutta, mikä lisää sisäsiitosriskiä ja vähentää lajin kykyä sopeutua muuttuviin ympäristöolosuhteisiin.
Ilmastonmuutos :Muuttuvat ilmastomallit, kuten kohonneet lämpötilat ja muuttuneet sademäärät, voivat vaikuttaa ravinnon saatavuuteen ja yöpymispaikkoihin, mikä pahentaa entisestään Seychellien tuppihäntälepakon kohtaamia haasteita.
Seychellien tuppihäntälepakon ja sen elinympäristön suojelemiseksi jatketaan suojelutoimia, mukaan lukien suojelualueiden perustaminen, elinympäristön ennallistaminen ja petoeläinten torjuntatoimenpiteet. Laji on kuitenkin edelleen äärimmäisen uhanalainen ja vaatii jatkuvaa seurantaa ja suojelutoimia varmistaakseen sen pitkän aikavälin selviytymisen.