1. elinympäristön menetys: Punaisen susi laskun ensisijainen syy on elinympäristön menetys ja pirstoutuminen. Heidän historiallinen alue kattoi kerran suuren osan Kaakkois -Yhdysvalloista, mutta kehitys, maatalous ja kaupungistuminen ovat vähentäneet huomattavasti niiden käytettävissä olevaa elinympäristöä. Ihmispopulaatioiden laajentuessa ja maankäyttömuutokset, punaiset susit menettävät välttämättömät alueet jalostukseen, ruokintaan ja kavereiden löytämiseen.
2. Punaiset susit ovat joskus ristiriidassa ihmisten kanssa, etenkin kun he saalistavat karjaa tai pidetään uhkana ihmisille tai lemmikkieläimille. Tämä voi johtaa punaisten susien tarkoitukselliseen tappamiseen joko metsästyksen, ansastamisen tai myrkytyksen kautta.
3. hybridisaatio: Punaiset susit liittyvät läheisesti kojootteihin ja voivat risteyttää niiden kanssa, mikä johtaa hybridisaatioon. Kojootti-punaiset susi-hybridit voivat olla vähentynyt kunto, mikä vaikuttaa niiden selviytymiseen ja lisääntymismenestykseen. Hybridisaatio voi laimentaa punaisen susi ainutlaatuisen geneettisen meikin ja uhata lajien eheyttä.
4. tauti: Lisäksi punaiset susit ovat alttiita erilaisille sairauksille, kuten koiran disemperille, parvovirukselle ja sydänmatotautille. Nämä sairaudet voivat levitä kosketuksella kotimaan koirien tai muiden villien kansojen kanssa ja aiheuttaa merkittäviä terveysriskejä punaisten susien kanssa.
5. Pieni populaation koko: Punaisilla susilla on aina ollut pieni populaatio, mikä tekee niistä alttiimpia geneettisille ongelmille, kuten sisäsiitokselle. Sisäsiitos voi johtaa vähentyneeseen geneettiseen monimuotoisuuteen, lisääntyneeseen alttiuteen sairauksiin ja vähentyneeseen lisääntymismenestykseen.
Näiden tekijöiden vuoksi punaiset susit on lueteltu kriittisesti uhanalaisina kansainvälisen luonnonsuojelujärjestelmän (IUCN) ja Yhdysvaltain kala- ja villieläinpalvelun liitoksi. Suojelupyrkimykset ovat käynnissä, mukaan lukien luontotyyppien suojelu, vangittuja jalostusohjelmia ja translokaatiota, mutta laji kohtaa sen selviytymisen lukuisia haasteita.