Hedelmälepakoissa on yleensä polygyny, jossa miehet pariutuvat useiden naisten kanssa. Naaraat synnyttävät yhden pennun raskausajan jälkeen, joka kestää tyypillisesti useita kuukausia. Pennut syntyvät silmissä kiinni ja ovat riippuvaisia äidistään ruokaa ja hoitoa varten. He oppivat lentämään ja ruokkimaan yksin muutaman kuukauden kuluessa ja saavuttamaan seksuaalisen kypsyyden noin vuoden ikäisenä.
Joillakin hedelmäpakkalajeilla, kuten oljenvärisellä hedelmälepalla (eidolon Helvum), esiintyy synkronoitua jalostusta, jossa suuri joukko yksilöitä synnyttää samanaikaisesti. Tämän uskotaan olevan sopeutuminen raskaana olevien naaraiden ja nuorten pentujen saalistusriskin vähentämiseksi.