- Suora ote: Manaateja metsästää joskus ruokaa, niiden öljyä ja heidän ruumiinosiaan. Ne voidaan myös tappaa vahingossa, kun he takertuvat kalastusvälineisiin tai veneen potkuriin.
- elinympäristön menetys ja hajoaminen: Manaatit luottavat mataliin, lämpimiin vesiin, joissa on runsaasti meriruohoa ruokaa ja suojaa varten. Koska rannikkojen elinympäristöt on kehitetty asuin- ja kaupalliseen käyttöön, nämä alueet menetetään ja huononee, mikä vaikeuttaa manaattien selviytymistä.
- Veden pilaantuminen: Manaatit ovat herkkiä pilaantumiselle, joka voi päästä kehonsa nauttimisen tai ihon imeytymisen kautta. Saasteet, kuten torjunta -aineet, lannoitteet, öljy ja jätevedet, voivat aiheuttaa sairauden ja kuoleman manaateissa.
- alusliikenne: Veneet voivat lyödä ja tappaa manaatteja. Ne ovat erityisen alttiita suurten, nopeasti liikkuvien alusten, kuten lastialusten ja nopeusveneiden, vammoille.
Näiden suorien ihmisen kuoleman syiden lisäksi ilmastonmuutos vaikuttaa myös manaatteihin, jotka voivat häiritä heidän ruokahyvänsä ja tehdä niistä alttiimpia sairauksille.