Kansainvälisen luonnonsuojeluliiton (IUCN) mukaan jaguaarit luokitellaan "lähes uhanalaisiksi" useiden tekijöiden, mukaan lukien laiton metsästys, johtuen. Tutkimukset ja raportit viittaavat siihen, että salametsästys on yksi jaguarin kuolleisuuden johtavista syistä joillakin alueilla.
Arviot vaihtelevat sijainnista riippuen, mutta useat raportit viittaavat siihen, että jaguaarien vuotuinen salametsästys voi olla satojen tai jopa tuhansissa. Esimerkiksi Brasilian Amazonissa vuoden 2013 tutkimuksessa arvioitiin, että noin 2000 jaguaaria tapetaan vuosittain metsästyksen ja ihmisten kanssa konfliktien vuoksi.
Salametsästys aiheuttaa merkittävän uhan Jaguar -väestölle, koska niiden harhat, hampaat ja muut ruumiinosat ovat kysyntää laittomasta kaupasta ja perinteisestä lääketieteestä. Jaguar -osien kysyntä tulee pääasiassa Aasian markkinoilta, erityisesti Kiinasta, missä niitä käytetään perinteisissä lääketieteissä ja koruissa.
Suojelujärjestöt, hallitukset ja lainvalvontaviranomaiset pyrkivät aktiivisesti torjumaan jaguaareja salametsästyksen ja suojelemiseksi. Heidän elinympäristönsä ja niiden kehon osiin asetettu korkea arvo tekevät kuitenkin tehokkaan seurannan ja täytäntöönpanon haastavan. Kansainvälinen yhteistyö, villieläinlakien vahvistaminen ja tietoisuuden lisääminen jaguaarien ekologisesta merkityksestä ovat välttämättömiä toimia tämän ikonisen lajin turvaamisessa ja sen roolissa terveellisten ekosysteemien ylläpitämisessä.
On tärkeää huomata, että nämä arviot perustuvat käytettävissä oleviin tietoihin eivätkä välttämättä edusta koko kuvaa. Jaguaarien pitkän aikavälin selviytymisen varmistaminen, kattavien säilyttämisstrategioiden ja jatkuvien ponnistelujen laittoman villieläinkaupan torjumiseksi ovat tärkeitä.