Tauti: Mustajalkafretti on altis useille sairauksille, mukaan lukien rutto, koiran penikka ja tularemia. Nämä taudit voivat levitä nopeasti preeriakoirayhdyskuntien kautta, mikä tuhoaa mustajalkaisten frettipopulaatioiden.
Sukusiitos: Mustajalkafretillä on pieni populaatiokoko, mikä tekee siitä herkemmän sukusiitoksen vaikutuksille. Sukusiitos voi johtaa geneettisen monimuotoisuuden menettämiseen, mikä voi tehdä populaatiosta alttiimman taudeille ja muille uhille.
Salistus: Mustajalkaisten frettien saalistavat monet saalistajat, mukaan lukien kojootit, haukat ja pöllöt. Samalla kun mustajalkafrettikanta on vähentynyt, on vähentynyt myös niistä ravinnon saavien petoeläinten määrä. Tämä voi johtaa petoeläinpopulaatioiden lisääntymiseen, mikä voi uhata mustajalkafrettejä entisestään.
Ilmastonmuutos: Ilmastonmuutoksen ennustetaan vaikuttavan merkittävästi mustajalkafretsiin ja sen elinympäristöön. Ilmaston lämmetessä preeriakoirayhdyskuntien odotetaan vähenevän, mikä vähentää mustajalkaisten frettien saatavilla olevia suoja-, ruoka- ja lisääntymispaikkoja.