Hashimoton kilpirauhastulehdus liittyy usein kohonneisiin immunoglobuliinitasoihin, erityisesti anti-tyreoglobuliini- ja kilpirauhasperoksidaasivasta-aineisiin. Nämä vasta-aineet on suunnattu kilpirauhasen proteiineja vastaan. Niiden nousu osoittaa autoimmuunivasteen kilpirauhasta vastaan, mikä johtaa krooniseen tulehdukseen, joka tunnetaan nimellä Hashimoton kilpirauhastulehdus.