Yön konflikti John on keskittynyt Jim Crow -kauden eteläisen sortavan sosiaalisen ja rodun dynamiikan ympärille, missä afrikkalaisilla amerikkalaisilla oli vakava syrjintä, erottelu ja rajoitettu pääsy koulutukseen ja mahdollisuuksiin. Romaani korostaa orjuutettujen ihmisten kamppailuja ja niiden pituuksia hankkimaan tietoa ja lukutaitoa maailmassa, joka yritti pitää heidät tietämättömiä.
Ensisijainen konflikti kiertää päähenkilön, John, joka salaa opettaa muita orjuutettuja ihmisiä lukemaan ja kirjoittamaan yöllä, uhmaavat lakeja, jotka kieltävät afrikkalaisten amerikkalaisten koulutuksen. Tämä sortavaa järjestelmää vastaan vastustusresistenssi asettaa Johnin ja hänen opiskelijansa vaaraan, koska kaikki löytöt voivat johtaa vakaviin rangaistuksiin, mukaan lukien lyönti tai jopa kuolema.
Romaanissa tutkitaan myös hahmojen sisäisiä konflikteja, kun he navigoivat haluaan vapauteen, tasa-arvoon ja itseilmaisuun systeemisen sorron keskellä. Johanneksen omaa matkaa merkitsee muutos pelosta ja epävarmuudesta rohkeuteen ja päättäväisyyteen, kun hänestä tulee toivon majakka orjuutettujen ihmisten kanssa.
Lisäksi konflikti ulottuu valkoiseen yhteisöön, jota edustaa merkkejä, kuten istutusomistaja Waller, jotka ovat päättäneet ylläpitää status quoa ja valvomaan valtaansa orjuutettuun väestöön. Afrikkalaisten amerikkalaisten koulutuksen vastustuskykyä pidetään keinona ylläpitää hallintaa ja estää nykyisen sosiaalisen järjestyksen häiriöitä.
Viime kädessä yönä John esittelee voimakkaan kuvan kansalaisoikeuksien taistelusta, korostaen ihmisen tiedon halua ja ihmishengen kestävyyttä sorron edessä.