#### 1. Tieteellinen valaanpyyntiohjelma pohjoisella Tyynellämerellä ja Etelämantereella (JARPA)
Tieteellinen tutkimus valaanpyyntiohjelma, joka tunnetaan myös nimellä JARPA, toteutetaan Japanin hallituksen myöntämien erityislupien perusteella. JARPA on suunniteltu keräämään tieteellistä tietoa monista valaslajeista, mukaan lukien minkevalaat, sei-valaat ja evävalaat. Kansainvälisen merioikeuden mukaan tappava tieteellinen tutkimus eläimillä on kuitenkin sallittua vain, jos muut ei-tappavat keinot eivät riitä tarvittavan tiedon saamiseksi.
Sen jälkeen kun Kansainvälinen tuomioistuin (ICJ) päätti maaliskuussa 2014, että Japanin JARPA II -ohjelma Etelämantereella ei ollut tarkoitettu tieteelliseen tutkimukseen, Japani keskeytti ohjelman. Japani aloitti kuitenkin uuden ohjelman, JARPA II Special Permit -ohjelman joulukuussa 2015. Japanin hallitus esitti 12 tieteellisen kysymyksen luettelon ohjelman tieteelliseksi perustaksi. ICJ päätti kuitenkin, että ohjelmaa ei ollut muutettu olennaisesti JARPA II -ohjelmasta, ja päätti joulukuussa 2021, että jatkuva "tieteellinen valaanpyynti" -ohjelma rikkoi myös kansainvälistä oikeutta.
#### 2. Rannikon valaanpyynti paikalliseen kulutukseen
Japanilla on myös rannikkovalaanpyyntiohjelma, joka kohdistuu rannikkovalaan. Hallitus asettaa kiintiön valaiden määrälle, jotka voidaan pyytää kustakin valasryhmästä tai -tyynystä. Pyydettyjen valaiden liha myydään sitten paikallisesti.
Suojeluryhmät ovat kuitenkin ilmaisseet huolensa rannikkovalaanpyynnin kestävyydestä. He väittävät, että kiintiöt ovat liian korkeat ja että rannikkovesien valaskantojen tarkka seuranta on vaikeaa.