- Suuri alkuinvestointi: Hydroponisen järjestelmän perustaminen voi olla kallista laitteiden ja materiaalien vuoksi. Kasvualustan, ravinteiden ja valaistuksen kustannukset voivat myös kasvaa ajan myötä.
- Tekninen tietämys ja asiantuntemus: Hydroponiset järjestelmät vaativat tietyn tason teknistä tietämystä ja asiantuntemusta toimiakseen ja ylläpitääkseen. Viljelijöiden on ymmärrettävä kasvien ravinto, veden laatu, valaistus ja muut ympäristötekijät menestyäkseen vesiviljelyssä.
- Jatkuva valvonta ja ylläpito: Hydroponiset järjestelmät tarvitsevat jatkuvaa seurantaa ja ylläpitoa optimaalisten olosuhteiden varmistamiseksi kasvien kasvulle. Tämä sisältää muun muassa vedenpinnan, pH:n, ravinnepitoisuuksien ja lämpötilan seurannan.
- Sähkökatkoille alttius: Hydroponiset järjestelmät käyttävät sähköä valojen, pumppujen ja muiden laitteiden virtalähteenä. Sähkökatkot voivat häiritä järjestelmää ja aiheuttaa vahinkoa tai sadon menetystä, jos niihin ei puututa viipymättä.
- Kohonnut sairausriski: Hydroponiset järjestelmät voivat luoda ympäristön, joka edistää kasvipatogeenien kasvua korkean ravinnepitoisuuden ja kasvien läheisyyden ansiosta. Tautien ja tuholaisten hallinta hydroponisessa järjestelmässä vaatii huolellista huomiota sanitaatioon ja ennaltaehkäiseviin toimenpiteisiin.
- Rajoitettu satovalikoima: Jotkut hydroponiset järjestelmät on suunniteltu tietyille viljelykasveille tai kasvityypeille, mikä voi rajoittaa viljelykasvien valikoimaa.
Kaiken kaikkiaan, vaikka hydroponiset järjestelmät tarjoavat useita etuja, niillä on myös haittoja ja haasteita, jotka on harkittava huolellisesti ennen sellaiseen järjestelmään sijoittamista ja käyttöä.