Yksi merkittävä tekijä on veden virtaus tai virta. Jokiin on ominaista virtaava vesi, kun taas valtameret ovat yleensä suhteellisen vakaita ja hitaammin liikkuvia vesimassoja. Tämä veden liikkumisen ero luo erilaisia elinympäristöjä vesieläimille. Eläimet, jotka on sopeutunut virtaavaan veteen, kuten kalat, joissa on virtaviivaiset rungot ja vahvat evät, menestyvät joissa. He kykenevät uimaan virtaa vastaan ja ylläpitämään asemaansa. Sitä vastoin monet valtameren eläimet, kuten meduusat ja suuret pelagiset kalat, sopivat paremmin avoimeen ympäristöympäristöön, missä ne voivat liikkua vapaasti kuluttamatta niin paljon energiaa asemaansa.
Toinen tärkeä ero jokien ja valtamerten välillä on auringonvalon ja liuenneen ravintoaineiden saatavuus. Joet saavat usein huomattavan määrän auringonvaloa ja ravintoaineita ympäröivästä maisemasta, mikä stimuloi levien ja muiden vesikasvien primaarituotantoa. Tämä kasvien elämän runsaus tarjoaa rikkaan ruokalähteen erilaisille organismeille, mukaan lukien vesihyönteiset, kalat ja linnut. Sitä vastoin syvät valtameren alueet voivat saada rajoitetun auringonvaloa ja niillä on alhaisempi liuenneen ravintoaineen. Seurauksena on, että ensisijainen tuotanto on alhaisempi avoimessa valtameressä, ja ruokalajit luottavat enemmän saalistamiseen ja poistoon.
Lisäksi jokien fyysiset ominaisuudet, kuten syvyys, leveys ja substraatin koostumus, vaikuttavat eläintyyppeihin, jotka voivat asuttaa niitä. Jokilla on tyypillisesti kapeampi ja matalampi vesipylväs valtameriin verrattuna. Tämä rajoitettu syvyys vaikuttaa vesilajien jakautumiseen, ja jotkut mieluummin matalammat tai syvemmät alueet niiden erityisvaatimusten mukaan. Jokien substraatti tai pohjamateriaali, joka voi sisältää kiviä, hiekkaa, soraa tai mutaa, tarjoaa elinympäristön ja suojan erilaisille pohja -organismeille, kuten matoille, simpukalle ja hyönteisille. Sitä vastoin valtamerellä on monipuolisia substraattityyppejä, koralliriutanista pehmeään sedimenttiin, jokainen tukee meren elämän ainutlaatuisia yhteisöjä.
Yhteenvetona voidaan todeta, että veden virtauksen, auringonvalon saatavuus, liuenneen ravintoaineet ja jokien ja valtamerten väliset fysikaaliset ominaisuudet ohjaavat kunkin ekosysteemin monimuotoisuutta. Joet sisältävät erikoistuneita sopeutumisia virtaavaan veteen ja ravinnetasojen vaihtelut, kun taas valtameret tukevat erilaisia yhteisöjä, jotka on sopeutunut vakaisiin vesiolosuhteisiin, vaihteleviin syvyyksiin ja avoimen veden elinympäristöihin.