Suurin ero meren ja makean veden ekosysteemien välillä on suolan määrä vedessä. Meriekosysteemejä löytyy valtamereistä ja meristä, joilla on korkea suolapitoisuus, kun taas makean veden ekosysteemejä löytyy järvistä, joista ja puroista, joilla on matala suolapitoisuus.