Alalajeja on kuitenkin:
* Hippopotamus Amphibius Amphibius: Tämä on nimeämä alalaji, ja sitä löytyy suurimmasta osasta Saharan eteläpuolisen Afrikan Hippon alueella.
* Hippopotamus Amphibius Kiboko: Tämä alalaji löytyy lajien alueen länsipuolella, pääasiassa Länsi -Afrikassa.
On tärkeää huomata, että nämä kaksi alalajaa ovat hyvin samankaltaisia ja niiden väliset erot ovat hienovaraisia. Jotkut väittävät, että ne eivät ole ollenkaan erillisiä alalajia, vaan pikemminkin yhden lajin populaatioita.
Siellä on myös pygmy Hippopotamus (Choeropsis liberiensis) , joka on erillinen laji kokonaan ja paljon pienempi kuin yleinen virtahepo. Niitä löytyy Liberian ja Sierra Leonen metsistä.
Joten, vaikka virtahepoissa on erilaisia populaatioita ja alalajia, virtahepotamuslajia on vain yksi tosi: Hippopotamus amfibius.