Kalkkikivi koostuu pääasiassa kalsiumkarbonaatista, joka on monien meriorganismien, kuten korallien, nilviäisten ja foraminiferan, kuorien ja luurankojen pääkomponentti. Miljoonien vuosien ajan nämä luurankojäännökset kerääntyvät merenpohjaan ja tiivistetään ja sementoituvat yhteen kalkkikiven muodostamiseksi.