Mehiläispesän sijainti on tärkeä useista syistä. Ensinnäkin pesä on suojattava elementeiltä. Hunaja mehiläiset ovat alttiita äärimmäisille lämpötiloille, sateelle ja tuulelle. Suojattu sijainti auttaa pitämään pesän lämpimänä ja kuivana.
Toiseksi pesän on oltava lähellä ruokalähdettä. Hunaja mehiläiset keräävät nektaria ja siitepölyä kukista. Pesän sijainnin tulisi olla lähellä erilaisia kukkia, jotta mehiläiset voivat helposti kerätä ruokaa.
Kolmanneksi, pesän on oltava turvassa petoeläimiltä. Mehiläiset saalistavat erilaiset eläimet, mukaan lukien karhut, pesukarhu, skunkit ja linnut. Suojattu sijainti auttaa pitämään pesän piilossa petoeläimiltä.
Hunaja mehiläiset päättävät tyypillisesti asua alueilla, joissa on lievä ilmasto, runsaasti kukkia ja harvoja saalistajia. Siksi hunaja mehiläisiä löytyy usein maaseutualueilta, lähellä metsiä tai pelloja. Mehiläisiä löytyy kuitenkin myös kaupunkialueilta, jos niiden pesälle on sopivia paikkoja.