Hajotus :Kun organismi kuolee, sen keho hajoaa nopeasti mikro-organismien, kuten bakteerien ja sienten, toimesta. Tämä prosessi hajottaa orgaanisen aineksen, jättäen vain vähän mahdollisuuksia koko organismin säilymiselle.
Tafonomia :Tafonomialla tarkoitetaan prosesseja, jotka vaikuttavat organismiin sen kuoltua ja fossiiliksi muodostuneena. Näihin prosesseihin kuuluvat huuhtoutuminen, kuljetus veden tai tuulen avulla ja altistuminen elementeille, kuten auringonvalolle ja sateelle. Nämä tekijät voivat hajottaa tai vahingoittaa organismin jäänteitä, mikä tekee siitä epätodennäköisen, että koko keho säilyy yhdessä.
Säilytysehdot :Tietyt olosuhteet ovat välttämättömiä fossiilien säilymiselle, mukaan lukien nopea hautaaminen lahoamisen estämiseksi, oikeantyyppinen sedimentti jäännösten suojaamiseksi ja tuhoavien geologisten prosessien, kuten eroosion, puuttuminen. Nämä olosuhteet esiintyvät harvoin yhdessä, mikä tekee kokonaisten organismien säilyttämisestä haastavaa.
Aika ja geologiset prosessit :Suurin osa muodostuvista fossiileista tuhoutuu tai muuttuu geologisen ajan kuluessa. Maan dynaamiset prosessit, kuten vuorten rakentaminen, tulivuoren toiminta ja eroosio, voivat muuttaa muotoaan, rikkoa tai kuluttaa fossiileja sisältäviä kiviä, mikä vähentää entisestään mahdollisuuksia löytää täydellisiä fossiileja.
Harvinaisuus :Joissakin tapauksissa lajin alkuperäinen populaatio on voinut olla pieni ja paikallinen tai vain tietyt yksilöt ovat saaneet asua fossilisoitumiseen suotuisissa ympäristöissä. Tämä harvinaisuus voi tehdä useiden yksilöiden löytämisestä haastavaa, puhumattakaan kokonaisista organismeista.
Näiden tekijöiden seurauksena useimmat fossiilit ovat fragmentaarisia ja edustavat vain organismien osia, kuten luita, hampaita, kuoria tai lehtiä. Kokonaisten eläin- ja kasvifossiilien harvinainen esiintyminen tekee niistä poikkeuksellisen arvokkaita paleontologiselle tutkimukselle ja muinaisten ekosysteemien ymmärtämiselle.