- Habitat Loss :Pygmy-kanin ensisijainen elinympäristö on saha- ja katajametsät, jotka muuttuvat nopeasti maatalous- ja asuinalueeksi. Tämä elinympäristön menetys on pirstoinut kääpiökanin populaatiota tehden siitä alttiimman saalistukselle ja taudeille.
- Salistus :Pygmy-kaneja saalistavat monet saalistajat, mukaan lukien kojootit, ketut, mäyrät ja petolinnut. Koska pygmy-kanin elinympäristö on pirstoutunut, saalistajat voivat helpommin päästä käsiksi ja tappaa niitä.
- Kilpailu :Pygmy-kanit kilpailevat muiden pienten nisäkkäiden, kuten pikajen ja myyrien, kanssa ruoasta ja suojasta. Tämä kilpailu voi rajoittaa pygmy-kanin kykyä selviytyä ja lisääntyä.
- tauti :Pygmy-kanit ovat alttiita useille sairauksille, mukaan lukien tularemia, rutto ja kokkidioosi. Nämä taudit voivat levitä nopeasti koko väestöön aiheuttaen laajaa kuolleisuutta.
- Ilmastonmuutos :Ilmastonmuutos on uhka myös pygmy-kanille. Viherarojen ja katajametsien ennustetaan kokevan kohoavia lämpötiloja ja vähentyvän sademääriä, mikä vaikeuttaa kääpiön kanin selviytymistä.
Näiden uhkien vuoksi kääpiökania pidetään yhtenä Pohjois-Amerikan uhanalaisimmista nisäkkäistä. Pygmy-kanin ja sen elinympäristön suojelemiseksi on meneillään suojelutoimia, mukaan lukien elinympäristön ennallistaminen, petoeläinten torjunta ja tautien hallinta.