Metsästys: Jaguaareja metsästetään myös niiden turkin ja muiden ruumiinosien vuoksi. Heidän hampaat ja kynnet myydään usein matkamuistoiksi, ja heidän lihansa syödään joskus. Joillakin alueilla jaguaareja metsästetään myös urheilun vuoksi.
Konflikti ihmisten kanssa: Jaguaarit voivat joskus joutua konfliktiin ihmisten kanssa, varsinkin kun ne saalistavat karjaa. Tämä voi johtaa siihen, että karjankasvattajat ja maanviljelijät tappavat jaguaareja kostoksi.
Ilmastonmuutos: Ilmastonmuutos vaikuttaa negatiivisesti myös jaguaareihin. Ilmaston lämmetessä jaguaarien elinympäristöt kuumenevat ja kuiveutuvat, mikä vaikeuttaa niiden selviytymistä.
Näiden uhkien seurauksena Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto (IUCN) on luokitellut jaguaarit nyt "lähellä uhatuiksi". Tämä tarkoittaa, että ne ovat vaarassa kuolla sukupuuttoon lähitulevaisuudessa, jos suojelutoimia ei tehosteta.