metsästys ja vainot: Ihmiset tappavat joskus indigo -käärmeitä, koska niiden katsotaan olevan vaarallisia tai tuholaisina. Heitä on myös historiallisesti metsästetty lihaansa ja nahkoihinsa.
tien kuolleisuus: Indigo -käärmeet tappavat usein autot yrittäessään ylittää teitä. Tämä on erityinen ongelma pitkille, suorille teille, jotka leikkaavat heidän elinympäristönsä.
saaliin ehtyminen: Indigo Snakesin ensisijaisia ruokalähteitä ovat pienet jyrsijät, kuten rotat ja hiiret. Ihmispopulaatioiden kasvaessa näistä jyrsijöistä on tullut niukampi, mikä vähentää indigo -käärmeille käytettävissä olevien ruokien määrää.
tauti: Indigo -käärmeet voidaan tartunnan erilaisilla sairauksilla, mukaan lukien hengitystieinfektiot, ihosairaudet ja sisäiset loiset. Nämä sairaudet voivat heikentää tai tappaa käärmeitä ja ne voidaan levittää kosketuksella muiden eläinten kanssa, mukaan lukien ihmiset.
Ilmastomuutos: Ilmastomuutos aiheuttaa muutoksia Indigo Snaken elinympäristössä, mikä tekee heille haastavamman selviytymisen. Esimerkiksi nouseva merenpinta uhkaa rannikkoalueiden elinympäristöjä, kun taas pidemmät ja kuumemmat kesät aiheuttavat kuivuutta ja lämpöstressiä.