- Ilmastomuutos :Ilmasto miokeenin ja pliokeenien aikakauppojen aikana, kun megaladonit menestyivät, oli paljon lämpimämpi kuin tänään. Kun ilmasto jäähtyi plioseenin ja pleistokeenin aikakausien aikana, valtameret tulivat kylmemmäksi, ja Megalodonin suosittu saaliin, kuten valaat ja sinetti, siirtyi lämpimämpiin vesiin. Tämä on saattanut aiheuttaa megalodonin menettämään ruokalähteensä ja lopulta sukupuuttoon.
- kilpailu :Megalodon oli suurin hai, joka on koskaan asunut, mutta se ei ollut ainoa jättiläinen hai valtameressä miokeenin ja pliokeenin aikakauden aikana. Muut suuret hait, kuten suuri valkoinen hai ja tiikerihai, ovat saattaneet kilpailla Megalodonin kanssa ruokaa ja resursseja, ja ne ovat saattaneet vaikuttaa sen sukupuuttoon.
- ihmisen metsästys :Jotkut tutkijat uskovat, että ihmiset ovat saattaneet vaikuttaa Megalodonin sukupuuttoon. Ihmiset alkoivat metsästää valaita ja muita suuria merinisäkkäitä pleistoseenikauden aikana, ja tämä on saattanut vähentää Megalodonin ruokatarjontaa. Lisäksi ihmiset ovat saattaneet metsästää suoraan megaladoneja ruokaa varten tai koska heidät pidettiin uhkana.
- tekijöiden yhdistelmä :On todennäköistä, että tekijöiden, kuten ilmastonmuutos, kilpailu ja ihmisen metsästys, yhdistelmä myötävaikutti megalodonin sukupuuttoon.
Megaladons kuoli sukupuuttoon noin 2,6 miljoonaa vuotta sitten.