Korkeat lämpötilat: Liiallinen lämpö voi aiheuttaa proteiinien denaturoinnin ja kuivumisen munan sisällä, mikä johtaa alkion kuolleisuuteen. Tarkkaa lämpötilakynnystä, jossa munat kuolevat, voi vaihdella lajien ja spesifisten inkubointiolosuhteiden välillä, mutta yleensä pitkittynyt altistuminen lämpötiloille, jotka ovat yli 39,5 celsiusastetta (103 astetta Fahrenheit), pidetään haitallisina useimmille lintujen munille.
matalat lämpötilat: Vaikka lyhyt altistuminen hieman viileoille lämpötiloille ei ehkä ole tappavaa, optimaalisen lämpötila -alueen alapuolella olevat pitkittyvät ajanjaksot voivat hidastaa alkion kehitystä ja vähentää kuoriutumisnopeuksia. Yleensä lämpötilat, jotka ovat alle 37,5 astetta (99,5 astetta Fahrenheit), voivat estää alkion kasvua, kun taas lämpötilat alle 30 astetta (86 astetta Fahrenheit) voivat johtaa kehityksen poikkeavuuksiin.
On tärkeää ylläpitää jatkuvia lämpötiloja koko inkubaatiojakson ajan välttäen nopeaa vaihtelua, jotka voivat myös korostaa alkioita. Inkubaattorien asianmukainen seuranta ja säätäminen ovat ratkaisevan tärkeitä optimaalisten olosuhteiden varmistamiseksi onnistuneen munan kuoriutumisen kannalta.