Kärpäset ruokkivat usein rappeutuvia aine- ja jätetuotteita, jotka voivat altistaa ne monille tautia aiheuttaville mikro-organismeille. Kun lentää maata ruoan tai muiden pintojen kohdalla, ne voivat siirtää nämä mikro -organismit syljensä tai ulosteensa kautta. Näiden saastuneiden kärpästen tai heidän eritteidensä kuluttaminen asettaa yksilöille maha -suolikanavan sairauksien ja infektioiden riskin.
Lisäksi jotkut kärpäslajit voivat kerätä vartaloihinsa myrkyllisiä aineita, kuten raskasmetalleja tai torjunta -aineita, jotka voivat aiheuttaa terveysriskejä.
Siksi ei yleensä ole suositeltavaa syödä kärpäsiä tarkoituksella, elleivät ne ole lähtöisin valvotusta lähteestä tai niitä on erityisesti valmistettu ihmisravinnoksi. Jos tietyt kärpäslajit syövät kulttuurista tai perinteistä käytäntöä, on tärkeää tehdä perusteellinen tutkimus ja kuulla luotettavia lähteitä turvallisuuden ja asianmukaisen käsittelyn varmistamiseksi ennen niiden kuluttamista.