Kalju kotkissa ensisijaiset erittyvät elimet ovat munuaisia. Munuaisten on tärkeä rooli jäteaineiden, kuten urean ja kreatiniinin, suodattamisessa verenkierrosta. Nämä jätetuotteet kuljetetaan sitten Cloacaan, joka on yleinen kammio ruoansulatus-, virtsa- ja lisääntymisjärjestelmille. Cloacasta jätetuotteet eliminoidaan kehosta virtsan muodossa.
Munuaisten lisäksi maksalla on myös merkittävä rooli aineenvaihduntajätteen vieroitus- ja eliminoinnissa kaljuissa kotkissa. Maksa muuntaa myrkylliset aineet vähemmän haitallisiksi muodoiksi, jotka voidaan sitten erittyä tehokkaammin. Maksalla on myös rooli sapen tuottamisessa, mikä auttaa sulattamaan rasvoja ja poistamaan jätetuotteita ulosteiden kautta.